Srebrna latarnia nocy oświetla drogę nocnym wędrowcom – jak kompas wskazuje dobre i złe kierunki. Jest znakiem niezwyciężonego światła, które nawet pośród mroków ma swojego wysłannika. Różne fazy księżyca pozwalają nazwać upływający czas – są kroniką nadchodzących po sobie miesięcy. Znakiem Ostrej Bramy jest słynący łaskami obraz Matki Bożej Miłosierdzia. Wizerunek patronki parafii znalazł się w kaplicy na Boernerowie – jeszcze przed II wojną światową. To kopia Cudownego Obrazu z wileńskiej kaplicy. Prawdziwe źródło objawień – Obraz Matki Bożej bez Dzieciątka, datowany na połowę XVI wieku – znajduje się w Ostrej Bramie na Litwie. Według legendy powstał on na zamówienie króla Zygmunta Augusta. Boża Rodzicielka, w pięknej złotej szacie i koronie, ma podobno rysy ukochanej żony ostatniego Jagiellona, Barbary Radziwiłłówny. W kościele przy ul. Kaliskiego 49 posługę duszpasterską pełni ks. płk Jan Domian. Funkcję proboszcza sprawuje od 1 lutego 2004 roku.

Warszawskie Boernerowo wzięło swoją nazwę od ministra Ignacego Boernera, który w 1932 roku zainicjował budowę osiedla m.in. dla pracowników telekomunikacji i wojskowych. Rosnąca osada domagała się własnego miejsca kultu – duchowym potrzebom mieszkańców starano się jak najszybciej sprostać. Projekt tymczasowej kaplicy wykonał Jan Reda. Budowla nie wyróżniała się zbytnio spośród krajobrazu otaczających ją domków i została ukończona dość wcześnie, bo już w 1936 roku. Początkowo kościółek był filią parafii Babice. Po 1937 roku opiekę nad nim przejęła parafia św. Józefa w Warszawie na Kole. Drewniana kaplica powstała dzięki hojności mieszkańców – swojego trudu nie szczędziło też wojsko. Kościół został poświęcony w 1937 roku przez bp. polowego Wojska Polskiego Józefa Gawlinę. Wichry II wojny światowej nie zniszczyły kaplicy, chociaż prowadzono w niej niedozwoloną w owych czasach katechizację – na tajne komplety przyjeżdżał ukrywający się w Laskach ks. Stefan Wyszyński. Krótko po wojnie, w sierpniu 1945 roku, w Boernerowie zamieszkał ks. Stefan Kuć, który prowadził ośrodek duszpasterski na prawach parafii. Na początku 1952 roku opiekęnad kaplicą przejęli ojcowie oblaci, którym przewodził ks. Henryk Gocyła. Ich pobyt pod płaszczem Ostrobramskiej nie trwał jednak długo – już w 3 lata później Urząd ds. Wyznań odebrał im dotychczasową siedzibę. Kaplica przeszła w ręce kapelanów Ludowego Wojska Polskiego. Początek ich posługi duszpasterskiej nie był dla wiernych zadowalający, ze względu na ograniczoną ilość nabożeństw – jedna Msza św. w niedzielę. Z czasem celebry stały się częstsze. W historii wspólnoty nie sposób pominąć ks. Jana Rożka, który z własnej inicjatywy rozpoczął codzienne spotkania przy ołtarzu (nabożeństwa pierwszopiątkowe, majowe i październikowyróżaniec). Mimo rozkwitu życia duchowego, kaplica zaczęła popadać w coraz gorszy stan techniczny – znikło ogrodzenie terenu przykościelnego. Zaczęto rozważać ewentualność całkowitej rozbiórki kaplicy. Aby ochronić dom Boży przed tymi zakusami, ks. Rożek przeprowadził pobieżny remont, wstawił też (obecne do dziś) okna witrażowe. Jego starania wspierał nowy dziekan generalny LWP ks. Julian Humeński. Niedługo potem, w 1965 roku, rektorem kaplicy został ks. Ryszard Śliwiński. W okresie rządów władzy komunistycznej i nasilonych represji wobec przejawów i miejsc kultu, drewniany kościółek był kilkakrotnie podpalany – jednak pożar ani razu nie spowodował żadnych poważniejszych uszkodzeń.

W czerwcu 1965 roku wspólnota przeżyła po raz pierwszy uroczystość przyjęcia sakramentu bierzmowania. Nabożeństwo sprawował bp Jerzy Modzelewski. Powtarzające się próby zniszczenia kaplicy wzmogły determinację duchownych, którzy uzyskali zgodę na obmurowanie drewnianych ścian do wysokości 3 metrów. Kościół został względnie zabezpieczony, ale jednocześnie oszpecony. 23 kwietnia 1968 roku trafił do ośrodka duszpasterskiego na Boernerowie ks. kpt. Remigiusz Zimak, który uzyskał zezwolenie na tzw. adaptację świątyni dla potrzeb kultu. Nie była to zgoda na budowę nowego kościoła, ale dzięki niej można było podjąć pewne starania, co do stworzenia większej i bardziej solidnej konstrukcji. Projekt ponownie przedstawił Jan Reda. Powoli zaczęto obudowywać istniejącą kaplicę. Władze, dostrzegając zakres prowadzonych prac, wstrzymały budowę. Nie godziły się na powstanie większej świątyni. Po 2 latach przystąpiono do ponownej przebudowy – tym razem szczęśliwie sfinalizowanej. Owocem tych wieloletnich starań był kościół, który został poświęcony w listopadzie 1971 roku przez bp. Władysława Miziołka. Konsekracji – jesienią 1973 roku – dokonał Prymas Tysiąclecia Stefan Wyszyński.

Wrzesień 1984 roku był dla wspólnoty szczególnym czasem – właśnie wtedy, dekretem Prymasa Polski Józefa Glempa, ośrodek duszpasterski na Boernerowie został przekształcony w parafię cywilno-wojskową. Na urząd proboszcza powołano wówczas ks. płk. Remigiusza Zimaka. Czas Jego pracy duszpasterskiej przyniósł rozbudowę bryły kościoła. Ponad zabudową osiedla wyrosła wieża, na której zawisł dzwon.

W 1991 roku reaktywowano Ordynariat Polowy Wojska Polskiego. Biskupem polowym został mianowany ks. prałat dr Sławoj Leszek Głodź, który 23 lutego 1991 roku przyjął święcenia biskupie na Jasnej Górze, a następnego dnia odbył z ceremoniałem wojskowym ingres do katedry polowej Wojska Polskiego w Warszawie. 21 stycznia 1993 roku Biskup Polowy WP erygował parafię wojskowo-cywilną na Boernerowie, zachowując jej dotychczasowe wezwanie. Po śmierci ks. płk Remigiusza Zimaka urząd proboszcza sprawowali: ks. kpt. Zbigniew Jaworski (1992-1994) oraz ks. płk Leszek Kołoniecki (1994-1996).

W 1996 roku stanowisko proboszcza objął ks. prof. płk Jerzy Syryjczyk. Proboszcz ufundował piękny obraz patronki wspólnoty – Matki Bożej z Ostrej Bramy w Wilnie, przeprowadził remont świątyni, doprowadzając do przebudowy stropu oraz prezbiterium. W ożywczym chłodzie kościelnych wnętrz rozwijają się grupy parafialne – kółka Żywego Różańca, Przymierze Rodzin, Akcja Katolicka, zespół Caritas. Poprzez swoje wezwanie parafia pozostaje w duchowej łączności z sanktuarium maryjnym w Wilnie.

Od 1 lipca 2003 roku do 1 lutego 2004 roku proboszczem był ks. ppłk Stefan Zdasienia.